Aplikasi Desain Primer PCR pada Bioinformatika

Bioinformatika merupakan bidang yang berkembang pesat dalam ilmu biologi. Tidak hanya ilmu biologi, bioinformatika juga didukung ilmu komputer, kimia dan statistika. Bioinformatika digunakan dalam penelitian terapan bioteknologi dan biomedis. Pada bidang biologi molekular, bioinformatika digunakan untuk proses Polymerase Chain Reaction (PCR). PCR merupakan metode enzimatis untuk melipatgandakan secara eksponensial suatu sekuen nukleotida tertentu secara in vitro. PCR digunakan secara luas untuk mengidentifikasi dan memanipulasi DNA, mendeteksi patogen berbagai penyakit (HIV, hepatitis, TBC, Avian Influenza), mendeteksi variasi genetik, kajian forensic dan paternity, serta analisis genetik lainnya.

Ok - April 22 2017 - Aplikasi Desain Primer Polymerase Chain Reaction (PCR) pada Bioinformatika

Dinda Eling Kartikaning Sasmito didampingi Izzati Muhimmah, S.T., M.Sc., Ph.D (Photo Jerri)
Izzati Muhimmah, S.T., M.Sc., Ph.D., menyampaikan hal tersebut saat mendampingi release penelitian Dinda Eling Kartikaning Sasmito, Mahasiswa Konsentrasi Informatika Medis Magister Teknik Informatika Program Pascasarjana Fakultas Teknologi Industri Universitas Islam Indonesia (PPs FTI UII) di Gedung KH Mas Mansur, Kampus Terpadu UII Yogyakarta (24 Rajab 1438 H/ 22 April 2017).

“Proses PCR membutuhkan 4 komponen utama: 1) DNA cetakan, yaitu fragmen DNA yang akan dilipatgandakan, (2) oligonukleotida primer, yaitu suatu sekuen oligonukleotida pendek (15-25 basa nukleotida) yang digunakan untuk mengawali sintesis rantai DNA, (3) deoksiribonukleotida trisofat (dNTP), terdiri atas dATP, dCTP, dGTP, dTTP, dan (4) enzim DNA polimerase, yaitu enzim yang melakukan katalisis reaksi sintesis rantai DNA. Komponen lain yang juga penting adalah larutan penyangga (buffer). Keberhasilan PCR sangat tergantung pada kualitas oligonukleotida primer” jelas Izzati.

Penelitian sebagai syarat untuk menyelesaikan studi S2, Dinda Eling Kartikaning Sasmito melakukan mencari desain primer yang optimum pada suatu sekuen DNA cetakan. Penelitian dilakukan mengacu pada penelitian terdahulu (Yang, Cheng, Chang, & Chuang, 2008; Wu dkk., 2004; dan Lin dkk., 2005) dengan pembaruan memasukkan parameter repeats and runs serta mismatch dalam komputasinya, serta metode penyilangan aritmatika yang digunakan pada proses genetika dalam algoritma pencarian.

“Aplikasi yang dibangun pada penelitian menggunakan Bahasa Indonesia, dengan fitur pencarian desain primer optimum dari suatu sekuen DNA, serta analisis desain primer untuk mengetahui nilai parameter-parameter primer dari pasangan primer yang telah dimiliki. Sekuen DNA yang diujikan pada penelitian ini adalah CYP1A1, merupakan sekuen pada manusia yang memiliki hubungan dengan peningkatan resiko kanker paru-paru” ujarnya.

Pengujian yang telah dilakukan berupa pengujian kinerja aplikasi, pengujian parameter genetika, pengujian parameter primer serta perbandingan hasil dengan aplikasi sejenis. Pada pengujian kinerja aplikasi, seluruh fitur dan fungsi tombol telah berfungsi dengan baik. Pengujian parameter genetika menghasilkan parameter penyilangan dan parameter mutasi yang sesuai untuk sekuen DNA target. Pengujian parameter primer dilakukan terhadap 2 pasang primer yang telah teruji berhasil untuk proses PCR di laboratorium Biokimia dengan bimbingan Prof. Dr. drh. Wayan T. Artama. Pada proses pengujian perbandingan hasil dengan aplikasi sejenis, aplikasi mampu menghasilkan pasangan primer dengan rata-rata nilai fitness maksimal yakni 100. Nilai ini lebih tinggi dibandingkan dengan primer yang telah teruji berhasil pada proses PCR di laboratorium serta yang dihasilkan oleh aplikasi sejenis: Primer3Web dan Primer3Plus.

Keberhasilan pada pengujian yang telah dilakukan pada penelitian menunjukkan bahwa aplikasi dapat digunakan untuk desain primer PCR. Sejauh ini pengujian terhadap sekuen yang telah berhasil pada proses PCR di laboratorium dilakukan untuk mengetahui nilai parameter-parameter primernya. “Pengujian tersebut dilakukan terhadap sekuen KF952601, sekuen gen sitokrom b untuk analisis hubungan filogenetik pada kambing di Indonesia. Tidak menutup kemungkinan aplikasi yang dibangun digunakan untuk mencari primer serta menganalisis parameter primer pada sekuen tumbuh-tumbuhan atau makhluk hidup lainnya” ujar Izzati menutup release.

Jerri Irgo

PUSFID, Deteksi Berita Hoax Sultan HB X

Yudi Prayudi, S.Si, M.Kom, Kepala Pusat Studi Forensika Digital, mendeteksi pembuat berita hoax yang seolah-seolah menyatakan pendapat Sultan HB X tentang SARA. Berdasarkan deteksi pusat studi tersebut, berita yang ditulis menggunakan nama Rosa Linda itu terdapat kemiripan dengan konten tulisan Ferdiansyah tentang menyampaikan pendapat dari seseorang bernama Salim A Fillah.

Yudi Prayudi Digital Forensik Magister Teknik Informatika PPs FTI UII

Hal tersebut, disampaikan Yudi Prayudi di ruang kerjanya di Gedung KH Mas Mansur, Kampus Terpadu UII Yogyakarta (20 April 2017).

Menurut Yudi Prayudi, konten pada berita yang dikabarkan hoax itu merujuk pada sebuah link http://www.metronews.tk/2017/04/sri-sultan-hamengkubuwono-maaf-bukan.html. Berita itu diposting di sebuah website yang patut diduga palsu dan seolah-olah mirip dengan portal resmi http://www.metronews.com.

Baca : Metro TV Jadi Korban ‘Web Phising’

“Teknik semacam itu dikenal dengan nama phising yaitu mengelabui pengguna dengan website yang mirip dengan tujuan mendapatkan data-data si pengguna,” ujar Yudi,
Dalam kasus metronews ini, web phising digunakan untuk mengelabui seolah-olah bahwa berita yang ditampilkan resmi. Top level domain dot tk pada http://www.metronews.tk merupakan top level domain yang sifatnya gratisan. Siapa pun dapat dengan mudah mendaftarkan domain pada top level itu.

Baca Pula : Analisis Peneliti Forensik Digital Soal Berita Palsu Catut Nama Sultan

“Dilihat dari logo website tampak website aslinya sebuah blog yang dibuat dengan engine blogspot. Domain itu digunakan sebagai alamat awal, namun kemudian diredirect ke salah satu alamat blog pada blogspot. Apa alamat blogspotnya dan atas nama siapa perlu didalami lagi,” papar Yudi.

Isi berita yang ditulis, memakai nama Rosa Linda dibuat pada 17 April 2017 dengan waktu unggah ke website pukul 20.45 WIB. Ia mencermati konten pada tulisan memiliki kemiripan dengan konten lain yang diposting pada alamat: http://teropongsenanyan.com/50868-ini-alasan-warga-tionghoa-tak-boleh-punya-hak-milik-tanah-di-yogyakarta.

Baca Juga : Penyebar Berita Hoax Sultan Terdeteksi

Postingan pada website di atas ditulis oleh seseorang dengan identitas Ferdiansyah pada hari Minggu 30 Oktober 2016 pukul 06.27.09 WIB. Berdasarkan cek kemiripan konten diperoleh angka 76 persen kemiripan. “Konten yang ditulis Ferdiansyah ini sebenarnya menyampaikan pendapat dari seseorang yang bernama Salim A Fillah. Terlepas bagaimana fakta sejarahnya, konten tersebut sifatnya pendapat pribadi,” jelasnya.

Siapa sebenarnya pemilik nama Rosa Linda, perlu pendalaman lebih lanjut apakah benar-benar itu orangnya atau bukan,” pungkas Yudi.

Jerri Irgo

MTI terima silaturahmi UNUGHA

M. Ragil Suryoputro, ST., MSc. Kordinator Bidang Keilmuan Magister Teknik Industri (MTI) Program Pascasarjana Fakultas Teknologi Industri (PPs FTI UII), bertempat di Gedung KH Mas Mansur Kampus Terpadu UII Yogyakarta, menerima kunjungan silaturahmi Delegasi Universitas Nahdlatul Ulama Al Ghazali (UNUGHA) Cilacap (10 April 2017).

Ragil MTI
UNUGHA adalah sebuah perguruan tinggi yang berlokasi di Kota Cilacap, provinsi Jawa Tengah, Indonesia. Universitas ini berasal dari Institut Agama Islam Imam Ghozali (IAIIG) Cilacap dan mulai beroperasi sebagai universitas pada tahun 2014 dengan lokasi kampus di Jl. Kemerdekaan Barat No.12 Kesugihan Kidul Cilacap – Jawa Tengah Indonesia

Baca juga : Sertifikasi Profesi, Project Management dan Supply Chain Management

Pada kesempatan tersebut, Ragil menjelaskan tentang Magister Teknik Industri, termasuk keunggulannya diantaranya Sertifikasi Profesi, Project Management dan Supply Chain Management.

Baca pula : Supply Chain Jawab Tuntutan Bisnis.

Selain itu saat ini MTI sudah membuka konsentrasi baru yaitu Logistic & Supply Chain, dari tiga sebelumnya yang sudah ada, yaitu Teknik Industri, Manajemen Industri dan Ergonomi dan Keselamatan & Kesehatan Industri.

Kegiatan silaturahmi dilanjutkan diskusi dan ditutup dengan ramah tamah.

Jerri Irgo

Panggilan tes agama Staf Keuangan

Bismillaahirahmanirahiim.

Berdasarkan hasil tes kompetensi yang dilakukan pada hari Kamis 16 Maret 2017, berikut ini adalah daftar pelamar posisi STAF KEUANGAN di Program Pascasarjana Fakultas Teknologi Industri Universitas Islam Indonesia (PPs FTI UII) yang dinyatakan lolos tes kompetensi dan berhak mengikuti tahap seleksi berikutnya.

lolos kompetensi

Pelamar tersebut di atas diundang untuk mengikuti tes agama yang akan diadakan pada  Rabu, 29 Maret 2017 pukul 13.00 WIB  s.d. selesai di Ruang PPs FTI UII, Gedung KH. Mas Mansur, Kampus Terpadu UII, Jl. Kaliurang km 14,5 Yogyakarta.

Pelamar yang tidak hadir dinyatakan gugur dan tidak berhak mengikuti seleksi tahap berikutnya. Tahap terakhir (wawancara) akan dilaksanakan pada hari Jumat 31 Maret 2017.

Demikian pengumuman ini disampaikan.

 

Tim Asesor visitasi Magister Teknik Informatika

Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) memberikan tugas Tim Asesor-nya Prof. Dr. Muhammad Zarlis, M.Sc dan Wahyu Catur Wibowo, Ir., M.Sc., Ph.D untuk melakukan visitasi ke Magister Teknik Informatika Program Pascasarjana Fakultas Teknologi Industri Universitas Islam Indonesia (PPs FTI UII), 24 dan 25 Maret 2017.

Tim Asesor Visitasi Magister Teknik Informatika

Peringkat akreditasi Sangat Baik adalah status akreditasi Magister Teknik Informatika saat ini dan berharap dengan upaya optimal untuk dapat mempertahankan atau meraih status Unggul. Hal tersebut, selaras dengan tujuan Pemerintah yang menargetkan standar Pendidikan Tinggi Indonesia ke tingkat Internasional, ini menjadi tantangan bagi Magister Teknik Informatika untuk terus bergerak maju agar kualitasnya dapat bersaing ditingkat Internasional.

Baca juga : Prof. Zarlis, 3 Prinsip rangkul Generasi Muda

Prof. Dr. Muhammad Zarlis, Guru Besar Universitas Sumatera Utara dan Wahyu Catur Wibowo, Ir., M.Sc., Ph.D, Dosen Universitas Indonesia akan melihat secara langsung tujuh standar sesuai borang, yaitu visi misi, kurikulum, kemahasiswaan, sarana dan prasarana, penelitian, kerjasama dan keuangan.

“Ada 2 falsafah Tim Asesor saat melakukan visitasi, yaitu katakan sejujurnya mengutip judul lagu Rinto Harahap dan Jangan Ada Dusta Diantara Kita judul lagunya Broery Marantika” ujar Prof. Dr. Muhammad Zarlis sesaat sebelum memulai proses visitasi.

Secara terpisah, Nandang Sutrisno S.H., M.H., LLM., Ph.D., Rektor UII dalam pesan tertulisnya menyatakan “Magister Teknik Informtika sudah mengalami kemajuan yang pesat, jika dibandingkan dengan ketika akreditasi yang lalu ketika itu saya dampingi. Oleh karena itu dengan upaya yang optimal dari Pengelola MTI maupun FTI keseluruhan, saya doakan mendapat re-akreditasi yang maksimal” mengutip pesan singkatnya.

Jerri Irgo

Prof. Zarlis, 3 Prinsip rangkul Generasi Muda

Prof. Dr. Muhammad. Zarlis, M.Sc. mempunyai gaya tersendiri menyampaikan nasehat sekaligus untuk merangkul generasi muda, selain memberikan contoh dalam kehidupan sehari-hari, juga mempunyai 3 prinsip yaitu “Janji di tepati, hutang dibayar dan amanah dijaga” ujar Guru Besar Universitas Sumatera Utara, saat beramah tamah dengan Nandang Sutrisno S.H., M.H., LLM., Ph.D, Rektor UII di sebuah resto seputaran Kampus UII Cik Ditiro Yogyakarta (24 Maret 2017).

3 Prinsip Prof. Zarlis - Rangkul Generasi MudaSebagai Anggota Bidang Pembangunan Komunikasi dan Teknologi Informasi, Asosiasi Profesor Indonesia, periode 2013-2017, Prof. Zarlis yang tampil selalu sebagai anak muda, mempunyai pengalaman tentang bagaimana bernegosiasi dengan manajemen sebuah institusi perbankan agar membuat sistem yang lebih humanis, hal tersebut menjadi pelajaran yang sangat berharga untuk pengambil kebijakan. “Cukup 2 sks untuk menjelaskan hal tersebut” tegas Prof Zarlis yang aktif sebagai pengajar, peneliti, dan pembicara berbagai seminar tersebut.

Baca juga : Tim Asesor Visitasi Magister Teknik Informatika

Tampak hadir saat ramah tamah tersebut, Dekan FTI UII, Dr Imam Djati Widodo didampingi Wakil Dekan FTI UII, Dr. Sri Kusumadewi, Dr. R. Teduh Dirgahayu, Direktur Program Pascasarjana FTI UII, juga Izzati Muhimmah, Ph.D, Kepala Pusat Studi Informatika Medis dan Yudi Prayudi, S.Si, M.Kom, Kepala Pusat Studi Digital Forensik. Selain itu juga ikut serta Domas Hata Fudloli, S.T, M.Sc, Ph.D dan Moh Idris, S.Kom, M.Kom serta Jerri Irgo, Liaison Officer Program Pascasarjana & Marketing FTI UII.

Jerri Irgo

Lean Manufacturing Dapat Menekan Pemborosan Beaya Produksi

YOGYAKARTA — Metode Lean Manufacturing dapat digunakan untuk menekan atau bahkan menghilangkan pemborosan sehingga beaya produksi bisa lebih murah. Metode ini fokus pada identifikasi dan eliminasi aktivitas-aktivitas yang tidak bernilai tambah dalam desain, produksi, atau operasi dan suplly chain management yang berkaitan langsung dengan pelanggan.

Neny-Ambarwati2R

Demikian hasil penelitian Neny Ambarwati, Mahasiswa Magister Teknik Industri Program Pascasarjana Fakultas Teknologi Industri Universitas Islam Indonesia (FTI UII) yang dipaparkan di hadapan wartawan Jumat (24/3/2017). Penelitian ini dilakukan pada PT Mega Andalan Kalasan yang memproduksi bedside cabinet 31824.

Lebih lanjut Neny mengatakan metode Lean Manufacturing merupakan metode yang ideal untuk mengoptimalkan performansi dari sistem dan proses produksi. Karena metode ini mampu mengidentifikasi, mengukur, menganalisas, dan mencari solusi perbaikan secara komprehensif. “Konsep lean diterapkan untuk mengeliminasi pemborosan pada value stream system,” kata Neny.

Sedang metode Quality Fuction Deployment (QFD) bertujuan untuk mengembangkan produk yang dapat memuaskan konsumen. Metode ini mampu menerjemahkan keinginan konsumen ke dalam karakteristik teknis yang disyaratkan.

Metode Lean Manufacturing akan efektif bila diintegrasikan dengan metode Quality Fuction Deployment (QFD). Sebab QFD mampu menterjemahkan keinginan konsumen ke dalam aktivitas pengembangan produk dan servis.

“Kualitas yang sesungguhnya terjadi jika masing-masing tahapan proses berjalan dengan baik. QFD merupakan solusi yang sudah terbukti untuk mengembangkan hubungan antara custumer dan supplier,” kata Neny.

Dipilih metode Lean Manufacturing dan QFD karena lean manufacturing fokus pada minimalisasi pemborosan. Karena itu, dibutuhkan kesesuaian antara sumber daya dan persyaratan konsumen. “Organisasi perlu berubah untuk menyesuaikan keinginan pelanggan,” katanya.

Berdasarkan hasil penelitian periode Januari – Desember 2016, metode tersebut bisa menekan pemborosan sebesar Rp 11.325.569,50. “Metode ini tidak hanya untuk perusahaan MAK saja, tetapi bisa diterapkan pada perusahaan manufaktur lain,” ujarnya.

Jerri Irgo

Diberitakan JogPaper

5 Tantangan Industri Logistik E-Commerce di Indonesia

“Isu logistik, Aksesibilitas Desa dan E-Commerce menjadi concern Pemerintah khususnya terkait dengan Kebijakan Ekonomi. Rancangan Paket Kebijakan Ekonomi ke-14 menekankan pada E-Commerce dan Channeling system sebagai platform logistics menjadi prasyarat untuk menghubungkan produk rural ke pasar urban dan global”.

5 Tantangan Industri Logistik E-Commerce di Indonesia (2)Hal tersebut bagian dari paparan,  Transformasi PT Pos Indonesia (persero) sebagai Backbone Logistik E-Commerce Nasional sebuah tema yang disampaikan Dr. Zaroni, CISCP, CFMP, Finance & Human Capital Director PT Pos Logistik Indonesia a Subsidiary of Pos Indonesia, saat menjadi narasumber kuliah perdana Program Pascasarjana Fakultas Teknologi Industri Universitas Islam Indonesia di Ruang Audiovisual 1.10, Gedung KH Mas Mansur, Kampus Terpadu UII Yogyakarta.(18 Maret 2017)

“PT Pos Logistik, melihat terdapat potensi pasar transportasi dan logistik Indonesia di tahun 2016 diperkirakan sebesar Rp 2.399T yang merupakan 26.4% dari PDB. Dengan Pengembangan Tol Laut dalam koridor Ekonomi, terdapat Estimate Logistics Spending BUMN Companies IDR 250T Per year dan Logistics & Transport CAGR 15%+ per year up to 2019, serta Huge potential from 55 million UKM for rural logistics” tegasnya dihadapan 44 Mahasiswa Baru PPs FTI UII semester genap 2016/2017.

Baca Juga : Materi Transformasi PT Pos Indonesia (persero) sebagai Backbone Logistik E-Commerce Nasional

Dr. Zaroni, menambahkan “Ada 5 tantangan Industri Logistik E-commerce di Indonesia, yaitu Kelangkaan & Disparitas, High Cost Economy, Negara Kepulauan, ICT Developing Index dan Cyber Crime”. Kelangkaan & Disparitas diantaranya Ke 14 Bahan pokok dan barang penting masih terjadi kelangkaan dan disparitas harga terutama antara Pulau Jawa dan Indonesia bagian Timur dan Cyber Crime di Indonesia sangat tinggi, sehingga FDI menempatkan Indonesia sebagai daftar negatif Investasi E-Commerce.

Strategi PT Pos Logistik, dengan adanya jaringan Kantor Pos yang menjangkau hingga daerah terujung dan pedesaan terus dikembangkan menjadi bagian dari infrastruktur dan layanan penggerak ekonomi nasional melalui pengembangan Three Dimentional Postal Network, yaitu: layanan informasi & perdagangan on-line, layanan logistik dan pembayaran berbasis account.

“Selain itu transformasi proses bisnis surat & paket menjadi proses bisnis logistik (logistics capable postal company) dan Pengembangan dan Modernisasi Processing Center (PC) menjadi Warehousing untuk Fulfillment Center serta Pengembangan Payment Service untuk E-Commerce logistik, Pengembangan sistem aplikasi teknologi untuk mendukung e-commerce logistik dan Peningkatan kapasitas IT untuk mendukung E-Commerce logistik menjadi langkah 5 strategis PT Pos Logistik saat ini” pungkas Dr Zaroni.

Jerri Irgo

Panggilan tes kompetensi Staf Keuangan

Bismillaahirahmaniraahim.

Berdasarkan hasil pemeriksaan administratif berkas lamaran, berikut ini adalah daftar pelamar posisi Staf Keuangan di Program Pascasarjana Fakultas Teknologi Industri Universitas Islam Indonesia (PPs FTI UII) yang dinyatakan lolos pemeriksaan administratif dan berhak mengikuti tahap seleksi berikutnya.

lolos administrasi

Pelamar tersebut di atas diundang untuk mengikuti tes kompetensi yang akan diadakan pada
Kamis 16 Maret 2017 pukul 09.00 WIB s.d. selesai di Ruang PPs FTI UII, Gedung KH. Mas Mansur, Kampus Terpadu UII, Jl. Kaliurang km 14,5 Yogyakarta.

Pelamar yang tidak hadir dinyatakan gugur dan tidak berhak mengikuti tes berikutnya.

Perhatian: berhubung PPs FTI UII akan menerima visitasi reakreditasi untuk Program Magister Teknik Informatika, maka tahap seleksi berikutnya (tes agama dan wawancara) akan dijadwal ulang. Jadwal akan diinformasikan kemudian.

Demikian pengumuman ini disampaikan.